Bir çalışma kapsamında geliştirilen yeni tip koronavirüs (SARS-Cov-2) protein yüzeyinin yeni ve ayrıntılı bir modeli, virüse karşı aşıların geliştirilmesine yardımcı olabilecek daha önce bilinmeyen zayıf noktalarını ortaya çıkardı. Max Planck Biyofizik Kimya Enstitüsü’nden Mateusz Sikora ve meslektaşları tarafından yürütülen çalışmanın sonuçları dün PLOS Computational Biology dergisinde yayınlandı.
Kovid-19 salgınından sorumlu olan SARS-Cov-2 virüsünün karakteristik özelliği, virüsün yüzeyinde bulunan ve insan hücrelerini hedef alıp enfekte etmesini sağlayan spike proteinidir. Daha önce yürütülen kapsamlı çalışmalarda spike proteinin ayrıntılı ve sabit modellerini oluşturuldu ancak spike proteininin esnekliği veya onu kaplayan koruyucu glikanların hareketlerini göstermiyordu.
Sikora ve meslektaşları, aşı geliştirilmesini desteklemek için spike proteininin yüzeyindeki potansiyel yeni hedef bölgeleri belirlemeye çalıştı ve bunu yapabilmek için bir spike proteinin tüm yapısını ve hareketlerini gerçekçi bir ortamda gösteren moleküler dinamik simülasyonlar geliştirdiler. Bu simülasyonlar, spike proteinin yüzeyindeki glikanların, virüsün insan bağışıklık sisteminden kaçmasına yardımcı olan dinamik bir kalkan olarak çalıştığını gösterdi.
Glikanların kapladığı alan küçük olsa da, yüzey üzerinde aynı bir arabanın sileceklerinin camı ön camı temizlemesi gibi ileri geri hareket ederek virüsün yüzeyinin tamamında koruma sağlıyor.
Araştırmacılar dinamik protein simülasyonu ile virüsün biyolojik yapısına yönelik analizleri bir araya getirerek, spike proteinin yüzeyindeki glikan kalkanlarında en az korunan noktaları belirlediler. Tespit edilen zayıf noktaların bazıları önceki araştırmalarda belirlenmişti ancak bazıları noktalar ise yeni. Bu zayıf noktalar daha sonra başka araştırmacılar grupları tarafından yürütülen laboratuvar deneylerinde doğrulandı.
Mateusz Sikora araştırmanın yayınlanması ile eş zamanlı olarak Max Planck Biyofizik Kimya Enstitüsü internet sitesinde yayınlanan bir raporda şu ifadeleri kullandı:
“Salgında, özellikle spike proteininde yoğunlaşan mutasyonların oluşması ile virüsün yeni varyantlarının ortaya çıktığı bir aşamadayız. Yaklaşımımız, özellikle kullanılmakta olan yöntemler virüse karşı mücadelede zorlandığında, aşıların ve tedavi edici antikorların tasarımını destekleyebilir.”
Bu çalışma için geliştirilen model, diğer viral proteinlerin potansiyel zayıflıklarını belirlemek için de uygulanabilir.
Koronavirüs proteinindeki ‘zayıf noktalar’ tespit edildi
https://turkish.aawsat.com/home/article/2901226/koronavir%C3%BCs-proteinindeki-%E2%80%98zay%C4%B1f-noktalar%E2%80%99-tespit-edildi
Koronavirüs proteinindeki ‘zayıf noktalar’ tespit edildi
Koronavirüs proteinindeki ‘zayıf noktalar’ tespit edildi
لم تشترك بعد
انشئ حساباً خاصاً بك لتحصل على أخبار مخصصة لك ولتتمتع بخاصية حفظ المقالات وتتلقى نشراتنا البريدية المتنوعة