Bilim insanları yeni koronavirüsün protein yapısını müziğe dönüştürdü

MIT'li bilim insanları sonifikasyon yönteminin araştırmaları kolaylaştıracağını öne sürüyor (AFP)
MIT'li bilim insanları sonifikasyon yönteminin araştırmaları kolaylaştıracağını öne sürüyor (AFP)
TT

Bilim insanları yeni koronavirüsün protein yapısını müziğe dönüştürdü

MIT'li bilim insanları sonifikasyon yönteminin araştırmaları kolaylaştıracağını öne sürüyor (AFP)
MIT'li bilim insanları sonifikasyon yönteminin araştırmaları kolaylaştıracağını öne sürüyor (AFP)

Massachusetts Teknoloji Enstitüsü’nden (MIT) bilim insanları sonifikasyon ismi verilen yeni bir teknikle Kovid-19 hastalığına neden olan SARS-CoV-2 virüsünün en bilinen sivri uçlu proteininin yapısını müziğe dönüştürdü.
Bilim insanların ortaya çıkardığı müzik, yeni koronavirüsün yüzeyinde bulunan ve üzerinde bulunduğu konak canlının hücrelerine girmesini sağlayan proteinlerin yapısını temsil ediyor.

Sciencemag’ın haberine göre, diğer tüm proteinler gibi, sivri uçlu proteinler de amino asitlerin bir kombinasyonundan meydana geliyor. 
MIT’li bilim insanların kullandığı sonifikasyon teknolojisine göre, her bir amino asit bir notaya denk gelecek şekilde yerleştiriliyor. 
Öte yandan normalde bu amino asitlerin sarmal biçiminde kıvrılma ya da bir tabaka boyunca uzanma eğiliminde olduğu belirtildi. Araştırmacılar bu müziği notaların süresini ve şiddetini değiştirerek elde etti. 
Bilim insanları bu yeni formatla basitçe notalara denk düşen yerlerin saptanarak, proteinin üstündeki antikor ve ilaçların tutunabileceği noktaların belirlenebileceğini ifade ediyor. Araştırmacılar, bu yöntemin geleneksel yöntemlerden çok daha hızlı çalışabileceğini öne sürüyor. 
MIT’li araştırmacılar ayrıca sivri uçlu proteinin müzikal yapısının, bu şekilde dönüştürülmüş diğer protein yapılarıyla karşılaştırılarak, virüsün hücreye tutunmasını önleyebilecek bir yolun bulunmasında yardımcı olabileceğini ekledi.



İlk kez bir Antik Mısırlının tam genomu çözüldü

Üç boyutlu taramayla yüzü oluşturulan kişinin, ileri yaşlarda hayatını kaybettiği saptandı (Caroline Wilkinson/Liverpool John Moores Üniversitesi)
Üç boyutlu taramayla yüzü oluşturulan kişinin, ileri yaşlarda hayatını kaybettiği saptandı (Caroline Wilkinson/Liverpool John Moores Üniversitesi)
TT

İlk kez bir Antik Mısırlının tam genomu çözüldü

Üç boyutlu taramayla yüzü oluşturulan kişinin, ileri yaşlarda hayatını kaybettiği saptandı (Caroline Wilkinson/Liverpool John Moores Üniversitesi)
Üç boyutlu taramayla yüzü oluşturulan kişinin, ileri yaşlarda hayatını kaybettiği saptandı (Caroline Wilkinson/Liverpool John Moores Üniversitesi)

Bilim insanları ilk kez bir Antik Mısırlının tüm genomunu diziledi. Yaklaşık 4 bin 500 yıl önce yaşayan adamın kalıntıları, antik uygarlıktan gelen en eski genetik veriyi de sunuyor.

Uzmanlar, bölgenin sıcak iklimi DNA'nın kolayca bozunmasına yol açtığı için Antik Mısır'dan genetik kayıtlar bulmanın epey zorlu bir iş olduğunu söylüyor. Ayrıca bu toplumda yaygın olan mumyalama da yumuşak dokuları muhafaza etmesine karşın DNA'nın düzgün bir şekilde korunmasını engelliyor.

Bugüne kadar Antik Mısır'dan sadece üç kişinin genomunun bir kısmı dizilenmişti. Ayrıca bu kişiler uygarlığın daha geç dönemlerinde yaşamıştı. 

Bulguları önde gelen hakemli dergi Nature'da dün (2 Temmuz) yayımlanan çalışmadaysa, bu örneklerden en az bin yıl daha önceye ait bir genom ilk kez tamamen dizilendi. 

Kahire'nin güneyindeki Nuwayrat köyünde 1900'lerin başında bulunan kalıntılar, kayaya oyulmuş bir mezarın içine yerleştirilmiş bir çömlek kabın içindeydi.

Liverpool John Moores Üniversitesi'nden Dr. Adeline Morez Jacobs liderliğindeki araştırmacılar, 4 bin 500 ila 4 bin 800 yıl önce yaşamış kişinin kemiklerini inceledi. Ayrıca dişinden aldıkları örneklerle genomunu dizileyen ekip, Antik Mısırlı hakkında eşsiz bilgiler elde etti.

VFDGH
Adamın kalıntılarını içeren çömlek 1902'de keşfedilmişti (Garstang Arkeoloji Müzesi/Liverpool Üniversitesi)

İlk piramitler inşa edilirken yaşayan kişinin kalıntıları, 44-64 yaşında ölen bir erkek olduğuna işaret ediyor. Makalenin yazarlarından Joel Irish, MÖ 2855 ila 2570'de hayatını kaybeden adam hakkında "Öldüğünde muhtemelen 60'lı yaşlarındaydı, ki bu o dönem için inanılmaz derecede ileri bir yaş" diyor.

Bilim insanları kişinin genetik materyalinin yüzde 80'inin beklendiği gibi Kuzey Afrika kökenine sahip olduğunu tespit etti. Ancak yüzde 20'si, Batı Asya ve Mezopotamya bölgesindeki insanlara dayanıyordu.

Araştırmacılar Antik Mısır ve Mezopotamya halkları arasında bir ilişki olduğunu uzun zamandır düşünüyordu. Arkeolojik bulgular bu etkileşime güçlü kanıtlar sunsa da bugüne kadar genetik bir veri elde edilememişti. 

Harvard Üniversitesi'nden Iosif Lazaridis, yer almadığı çalışmanın bulguları hakkında "Bu örnek bize, bu kadar erken bir tarihte Mısır'da çoğunlukla Kuzey Afrikalı soyundan gelen ancak Mezopotamya'dan da bir miktar soy katkısı olan insanlar olduğunu söylüyor" diyor: 

Bu coğrafi açıdan mükemmel derecede mantıklı.

Araştırmacılar bulunan kemiklerde artrit ve osteoporoz belirtilerinin yanı sıra yaşamının büyük bölümünde aşağı baktığını ve öne doğru eğildiğini gösteren işaretler tespit etti. Ayrıca kollarını uzun süre önünde tuttuğunu, ağır malzemeler taşıdığını ve sert yüzeylere oturduğunu gösteren bulgulara rastlandı. 

Ekip bu verilere dayanarak bu kişinin ağır işçilik yaptığı ve muhtemelen çömlekçi olduğu sonucuna vardı. Irish çömlekçi çarkının da Mısır'a bu dönemde geldiğini söyleyerek ekliyor:

Öte yandan bir çömlekçiye genellikle böyle üst sınıf bir cenaze töreni düzenlenmez. Belki de olağanüstü yetenekli ya da başarılı olduğu için sosyal statüsü yükselmişti.

Bilim insanları Antik Mısır ve Mezopotamya ilişkisine ışık tutan yeni çalışmanın sadece tek bir genom örneğine dayandığına ve daha fazla kanıt bulmayı beklediklerine değiniyor. Bu sayede iki bölgede yakın zamanda ortaya çıkan yazının kökenlerini ve farklı toplumlar arasındaki göçleri daha iyi anlamayı umuyorlar.

Makalenin ortak yazarı Dr. Linus Girdland-Flink "Bu, insan genetik varyasyonu bulmacasının sadece bir parçası: Bugüne kadar yaşamış her insan ve onların genomu bu bulmacanın benzersiz bir parçasını oluşturuyor" diyerek ekliyor:

Hiçbir zaman herkesin genomunu dizileyemeyeceğiz ancak insanlık tarihinde bugün kim olduğumuzu şekillendiren önemli olayları doğru bir şekilde yeniden yapılandırmak için dünyanın dört bir yanından yeterince çeşitli örnek toplamayı umuyoruz.

Independent Türkçe, CNN, New Scientist, Nature