Kanalizasyondan alınan numunelerde maymun çiçeği virüsü keşfedildi

ABD’nin Kaliforniya Eyaleti kanalizasyon numunelerini virüs gözetim programına ekledi

Kaliforniya Üniversitesi kampüsüne her köşesine yerleştirilen otomatik numune toplama cihazları (Kaliforniya Üniversitesi)

Kaliforniya’da yürütülen bir program, kanalizasyon sularının analiz edilmesi ile toplumdaki yayılımları etkili bir şekilde tahmin edilebilecek virüsler listesine maymun çiçeğini de ekledi.
Mayıs sonunda Kaliforniya’da teyit edilen ilk maymun çiçeği vakasının kaydedilmesinden bu yana, eyalette ve ülke genelinde kaydedilen vakalar istikrarlı bir şekilde arttı, şimdi San Diego şehrinde neredeyse 100’e yakın hasta bulunuyor. Eyalet genelinde ise bin 300’den fazla vaka bulunuyor.
1 Ağustos’ta Kaliforniya maymun çiçeği sebebiyle halk sağlığı acil durumu uyarısında bulundu. San Diego bölgesi de ertesi gün hastalığa karşı uyarıda bulundu. 4 Ağustos’ta, ülke çapında bildirilen 7 binden fazla vaka ile federal bir halk sağlığı acil durumu ilan edildi. Bu, 2001’den bu yana ilan edilen 5’inci ulusal acil durum oldu.
Kaliforniya Üniversitesi’ndeki Mikrobiyom İnovasyon Merkezi Direktörü Dr. Rob Knight, çarşamba günü üniversitenin resmi internet sitesinde yayınlanan bir raporda, “Maymun çiçeği virüsünün izlenmesi ve test edilmesi, mevcut Kovid-19 atık su izleme programına nispeten basit bir eklemedir. Farklı bir virüsü aramamız dışında aynı kontrol sürecini uyguluyoruz. Maymun çiçeği bir DNA virüsü iken, koronavirüs RNA virüsüdür” ifadelerine yer verdi.
Araştırmacılar, Mayıs ayında kanalizasyon numunelerine yönelik testlerinin her iki virüs türüne karşı da çalışabileceği olasılığını denemeye başladılar. Haziran başında maymun çiçeği virüsünün varlığını test etmek amacıyla, 2,2 milyon San Diegolu’ya hizmet veren Point Loma arıtma tesisinden gelen atık su numunelerini kullandılar.
İlk pozitif sonuç 10 Temmuz’da tespit sınırına yakın seviyelerde gözlemlendi. Virüs oranı, bir litre atık su başına 10 milyondan fazla viral kopyaydı. Söz konusu oran o zamandan bu yana önemli bir şekilde arttı. Bununla birlikte 2 Ağustos’ta bir litre atık su başına 189 milyonu aşan viral kopya ile yükseliş eğilimi gösteriyor.
Knight, atık sudaki maymun çiçeği virüsüne yönelik viral yük seviyelerinin izlenmesinin gelecekteki enfeksiyon veya vaka oranlarını tahmin edilip edilemeyeceğini görmek için beklemek gerektiğini söyledi. Ayrıca “Verilerin Kovid-19’da olduğu gibi vaka artışlarını önceden tahmin edilmesini sağlayıp sağlamayacağını henüz bilmiyoruz. Bu, insanların tıbbi yardım almasına neden olan semptomların ne kadar kötü olduğuna karşı virüsün vücuttan ne zaman atıldığına bağlıdır. Bu durum, prensipte her virüs için farklıdır, ancak pratikte atık su birden fazla virüs için öngörücü gibi görünür” ifadelerini sözlerine ekledi.
Sistem, henüz maymun çiçeği genomları dizilimini yapacak şekilde kurulmadı. Ancak genom dizilimi yeni ortaya çıkan varyantları tespit etmek için bir gerekliliktir. Knight bununla ilgili olarak “Maymun çiçeği gibi DNA virüsleri, SARS-CoV-2 gibi RNA virüslerinden çok daha yavaş evrimleşir, bu nedenle de varyantların hızlı bir şekilde ortaya çıkıp yayılmasını beklemiyoruz” dedi.
Kaliforniya Üniversitesi’nde baş tıbbi görevli olan Christopher Longhurst, maymun çiçeğinin izlemesinin “proaktif gözlem” olarak adlandırdığı çalışmada, önemli bir yenilik olduğunu söyledi.
Atık sulardaki artan maymun çiçeği seviyeleri, virüsün giderek artan yayılmasıyla açık bir şekilde bağlantılıdır. Tespit ve izleme, salgın kriz haline gelmeden önce uyarmaya yardımcı olacak ve sağlık sistemlerinin ve kamu kurumlarının yanıt vermesi, hazırlanması ve harekete geçmesi için zaman sağlayacaktır.
San Diego Halk Sağlığı Yetkilisi Wilma Wooten, Longhurst’ın dediklerini destekleyerek “Kovid-19’da gördüğümüz gibi, kanalizasyon numuneleri bir virüsün toplumumuzda nasıl hareket ettiğine ve nasıl etkilediğine dair ek bir pencere görevi görebilir. San Diego, tüm ortakların çalışmalarını takdir ediyor ve halk sağlığına yönelik tehditlerle mücadele kapsamındaki işbirliğinin devam etmesini heyecanla bekliyor” dedi.
SARS-CoV-2 ile enfekte olan kişilerde, Kovid-19 semptomları göstermeden önce bile arıklarında virüs görülür. Bu gerçek, 2020 yılının sonlarına doğru ilk atık su tarama programının geliştirilmesini teşvik etti. Araştırmacılar, analizleri gerçekleştirmek üzere otomatik numune toplama robotlarını kullanarak, kampüs genelinde atık su numuneleri toplamaya başladılar. Program, öğrencilerin güvenli bir şekilde kampüse geri dönmelerine yardımcı olmak amacıyla tasarlandı. Atık su izleme çalışmaları daha sonra bölgeye yayıldı.
ABD’deki Scripps Araştırma Enstitüsü’nden Prof. Dr. Kristian Andersen “Son birkaç yıldaki araştırmaların başarısına dayanarak, burada San Diego’da atık su gözetiminin maymun çiçeğini de kapsayacak şekilde genişletildiğini ve gelecekteki insan patojenleri için de esnek bir sistem oluşturulduğunu görmek harika” dedi.
Temmuz ayında, programın araştırmacıları Nature dergisinde atık su inceleme ve virüs tespitinin başarısını açıklayan bir rapor yayınladı. Programın, geleneksel klinik testlerden 14 gün önce ‘endişe verici yeni viral varyantları’ etkili bir şekilde belirlediğini, yakın gelecekte yerel enfeksiyon oranlarında ve vaka sayılarındaki vaka artışlarını tahmin etmek için güvenilir bir şekilde kullanılabileceğini belirttiler.
Daha önce yayınlanmış bir çalışma, atıksu izlemenin Kaliforniya Üniversitesi kampüsündeki Kovid-19 vakalarının yüzde 85’inin erken tespitini sağladığını böylece daha etkili azaltma ve önleme çalışmalarına olanak tanıdığını tahmin ediyor.
Araştırmacılar, atık su gözetim programına, ABD’nin bazı bölgelerinde yeniden ortaya çıkan çocuk felci virüsü de dahil olmak üzere başka patojenler ekleme olasılığını araştırdıklarını söylüyorlar.